Głównym powodem dlaczego błonnik jest taki ważny, jest rozwój mikroflory jelitowej. Nasza wiedza na jej temat ewoluowała przez ostatnich kilka lat. Dziś już wiemy się jak ogromne znaczenie ma dla naszego zdrowia. W naszym ciele i na jego powierzchni żyje co najmniej 100 trylionów (10 14 ) komórek drobnoustrojów.
Coraz więcej badań mówi o tym, że jakiekolwiek zaburzenia w jej składzie przyczyniają się do powstawania chorób. Zmiany mikrobioty obserwuje się w takich chorobach jak: alergie, choroba trzewna, rak żołądka, otyłość, IBS – zespół jelita drażliwego , choroba Crohna, anoreksja, cukrzyca.
Wiemy też, że system odpornościowy powiązany jest z jelitami. Przyęło się mówić, że odporność buduje się w jelitach.
Dysbioza (nierównowaga w środowisku mikroorganizmów) może odpowiadać za otyłość. Zmiany w ilości gatunków bakterii wpływają na ilość pozyskiwanej energii z pożywienia i wywołują stan zapalny. Stan mikroflory będzie również wpływał na sygnalizację sytości, ponieważ m. in w jelitach wytwarzane są hormony sytości.
Kolejnym ważną rzeczą jest fakt, że jelita są połączone z mózgiem. Oś jelito-mózg łączy się poprzez ścieżki neuronalne obejmujące zarówno centralny układ nerwowy jak i układ krążenia. I tutaj znowu swoją rolę odgrywają SCFA, które wpływają na sygnalizację jelitowo-mózgową.
Pojawiające się dowody wskazują, że mikroflora jelitowa odgrywa znaczącą rolę nie tylko w modulowaniu zdrowia, ale także w zachowaniu ludzi poprzez rolę regulacyjną w zakresie lęku, nastroju, funkcji poznawczych i bólu.
Czynniki, które zaburzają mikroflorę to: antybiotyki, zła dieta, stres i leki. Wykazano, że w szczególności zmiany diety mają znaczący wpływ na mikroflorę. Nie bez przyczyny mówi się, że jesteś tym co jesz.